5 Centimetes per Second bercerita tentang kisah dua orang, Tono Tokaki dan Akari Shinohara, yang merupakan teman dekat tetapi secara bertahap tumbuh lebih jauh dan jauh terpisah sebagaimana waktu bergerak. Mereka menjadi terpisah karena keluarga mereka namun terus untuk saling bertukang kontak dalam bentuk huruf. Namun waktu terus berjalan, pada kontak mereka dengan satu sama lain mulai berhenti. Tahun berlalu dan perpecahan antara mereka tumbuh semakin besar. Namun, mengingat Takaki kali mereka telah berbagi bersama, tetapi hidup terus terungkap baginya, ia bertanya-tanya apakah dia akan diberikan kesempatan untuk bertemu Akari lagi sebagai dongen kisah pada realisasi Takaki tentang dunia dan orang disekelilingnya